Trước khi Go-Mizunoo lên ngôi Thiên hoàng, ông có tên cá nhân (imina) là Kotohito[4] (政仁) hay Masahito[5]. Ông là con thứ ba của Thiên hoàng Go-Yōzei, mẹ là thái hậu Konoe Sakiko, con gái của Konoe Sakihisa.

Thiếu thời, ông sống trong cung điện ở Heian. Cuộc hôn nhân của ông với các công nương đã sinh ra tới 33 người con và 4 người trong số đó sẽ làm Thiên hoàng kế tiếp ông.

Năm 1610, ông được cha sắc phong làm Thái tử kế vị